認知症の母を除いて行った遺産分割協議は有効ですか?

無効です。
遺産分割協議は、相続人全員が参加して行う必要があり、その全員が法律行為を有効に行える「意思能力」を持っていることが前提となります。
認知症を患っている母は、遺産分割協議の内容を理解し、自身の判断で同意する能力がないと判断されることが多いため、意思能力を欠くとみなされます。このような状態で母を除いて行った遺産分割協議は、法律上無効となります。
この場合、母の代理として成年後見人を選任する必要があります。家庭裁判所に申し立てを行い、成年後見人が選任された後に、その成年後見人が母の代理として遺産分割協議に参加することで、法的に有効な協議を進めることができます。